Edukację rozpoczął w szkole parafialnej, w pobliżu kościoła p.w. św.Jana, gdzie uczył się łaciny, rachunków i śpiewu. Czas dziecięcy i młodzieńczy spędził więc w swym rodzinnym mieście.
W 18 roku życia za sprawą wuja Łukasza Watzenrode Mikołaj Kopernik udał się na studia uniwersyteckie do Krakowa .
Przy wpisie do albumu scholarów Akademii Krakowskiej w 1491 roku immatrykulował się jako "Mikołaj, syn Mikołaja z Torunia". Pamiętał o nim jednak później, chociażby w swoim dziele „O obrotach sfer niebieskich”, podpisując je „Nicolai Copernici Torinensis”. Podobne dopiski występują na innych jego pismach.