Data założenia nowego cmentarza ewangelickiego nie jest jednoznacznie potwierdzona, co budzi spore kontrowersje. Według Anny Piskorskiej, która powołuje się na Akta Miasta Podgórza, cmentarz musiał już istnieć w 1868 roku, o czym świadczyć mają rachunki za różnorodne prace wykonane na jego terenie. Rachunki te, jak twierdzi Piskorska, są dowodem na wcześniejsze istnienie obiektu. Z drugiej strony, w aktach toruńskiego Wydziału Powiatowego znajduje się teczka zatytułowana
Die Anlegung eines neuen evangelischen Begräbnisplatzes in Podgórz obejmująca lata 1898–1907, co sugeruje, że formalny proces zakładania cmentarza mógł rozpocząć się dopiero pod koniec XIX wieku.
W korespondencji datowanej na 30 kwietnia 1898 roku, lekarz sanitarny o nazwisku Wadtke skarżył się landraturze toruńskiej, że nigdy nie został poproszony o wykonanie obowiązkowej ekspertyzy sanitarnej terenu, na którym planowano założyć nowy cmentarz. Dowiedział się o tych planach z lokalnej prasy. Odpowiedź na tę skargę, jak i dalsze korespondencje z lat 1902 i 1907, nie zostały odczytane, jednak dostępne źródła prasowe z tamtych czasów potwierdzają, że rada gminy Podgórz prowadziła rozmowy na temat zakupu działki o powierzchni trzech mórg przez lokalną gminę ewangelicką, z przeznaczeniem na nowy cmentarz.
Powojenne ograbienie cmentarza z większości elementów zawierających inskrypcje, a także naturalne zniszczenia najstarszych nagrobków przed 1945 rokiem, uniemożliwiają precyzyjne datowanie cmentarza na podstawie zachowanych obiektów. Jednak najstarsza znaleziona tablica nagrobna należy do Gertrudy Rudiger, zmarłej w 1901 roku. Analiza żeliwnych ogrodzeń oraz zamontowanych na nich tablic sugeruje, że wykonano je na przełomie XIX i XX wieku. Na tej podstawie uznaje się, że cmentarz najprawdopodobniej powstał w latach 1898–1901, co wydaje się najbardziej prawdopodobne w świetle dostępnych dowodów.
Cmentarz ten odgrywał także znaczącą rolę pod koniec II wojny światowej. W styczniu 1945 roku pochowano tam ofiary wybuchu pociągu z amunicją, a także żołnierzy niemieckich, którzy bronili się przed nacierającą Armią Czerwoną. Po zakończeniu wojny cmentarz popadł w zapomnienie i stopniową dewastację. W 1966 roku pojawiły się pierwsze sygnały o planowanej jego likwidacji, choć rzeczywista likwidacja, która miała miejsce pomiędzy 1985 a 1994 rokiem, była częściowa. Nie usunięto wówczas wszystkich nagrobków, przez co pozostałości cmentarza są nadal widoczne.
Nowy cmentarz ewangelicki w Toruniu jest jednym z wielu przykładów niszczejących i zapomnianych miejsc pochówku, które w przeszłości pełniły ważne funkcje w życiu lokalnych społeczności. Choć jego dokładna data założenia pozostaje przedmiotem dyskusji, pozostaje on świadectwem skomplikowanej historii Torunia i jego mieszkańców, szczególnie tych związanych z ewangelicką częścią miasta.
Inne miejsca warte odwiedzenia: MAPA 
